武漢生物工程學院總共有21個專業(yè)。

武漢生物工程學院本科專業(yè)有15個：計算機科學與技術、英語、環(huán)境工程、園林、園藝、市場營銷、公共事業(yè)管理、生物工程、信息管理與信息系統(tǒng)、生物技術、制藥工程、材料化學、機械設計制造及其自動化、食品科學與工程、應用化學。

武漢生物工程學院其他專業(yè)有6個：財務管理、中藥學、土木工程、化學工程與工藝、網絡工程、食品質量與安全。